生殖器疱疹之所以这么难以治疗，因为这种疾病的反复性特别强，特别是不注意个人卫生的话，非常容易有复发的倾向。所以医生对于患者的个人生活要求是非常高的，另外还要做到保持健康的饮食习惯，少吃辛辣的食物，或者是一些刺激性的食物都是要禁止的，这样才能提高治疗的效果。
在进行生殖器疱疹的治疗上，一定要找到疾病的病因是什么，这种疾病主要是由不洁性行为传播，或者是生殖器接触而感染;另外这种疾病的传染还可通过物理性方面的诱因，因为每个人的体质都不一样。所以在出现疲劳或者免疫力下降后，或者是长期处在紧张的状态下、也可能是紫外线的照射下，都会因体质的差异有感染与没感染之差别。这些也是可能会成为这种疾病传染的途径。
而在疾病的治疗上，建议可以通过一般疗法来进行，患者一定要保持局部清洁和干燥。另外患者还可以通过用生理盐水清洗，如果是疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。另外对于局部疼痛明显者，建议可外用盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
药物的治疗，建议可以通过阿昔洛韦的方式，或者是通过阿昔洛韦也有不错的效果;还可通过伐昔洛韦或泛昔洛韦。对于初发生殖器疱疹，一般疗程为一周左右;而如果是复发性生殖器疱疹疗程为五天。建议如果是频发复发患者，可以通过较低的剂量服用较长时间的疗程。
在治疗疾病的过程中，要保持乐观和积极的心态，如果是长时间都处于紧张或者是不安的情况，这样对于疾病的治疗也是非常不利的，要控制好自己的情绪，这样才能提高治疗的效果。
